Los electos que asisten a las Comisiones de Trabajo de la Federación que pertenecen a municipios de carácter rural -menos de 10.000 habitantes- perciben un reembolso de los gastos por asistencia a las reuniones de dichas Comisiones de Trabajo, a fin de facilitar la participación a corporaciones que cuentan con recursos muy escasos. Los baremos que se aplican para dichos gastos fueron aprobados por la Junta de Gobierno el 23 de junio de 2009.

Los miembros de la Junta de Gobierno y del Consejo Territorial no perciben retribución o compensación alguna por desempeñar su cargo, tal y como recogen los Estatutos de la FEMP.

Únicamente, la Secretaría General cuenta con una partida presupuestaria para gastos de representación que, desde 2016, es de 600 euros al año. Así mismo, no acepta ni regalos ni invitaciones.

Por otra parte, la institución posee una tarjeta de crédito prevista para ser utilizada por el Departamento de Internacional en los desplazamientos al extranjero y,  otra tarjeta de la Dirección General de Organización y Recursos para su uso en compras de bienes y servicios en las que sólo se acepta ese medio de pago.